上海市宝山区教育局设下列内设机构：
（一）办公室。统筹负责区教育工作党委、区教育局联络协调、办文办会、督查督办、后勤保障等综合保障工作。负责信息编报、政务公开、审计、档案管理、公务用车管理、对口支援与合作交流和其他机关内部事务工作。负责机要保密和印章管理工作。负责区人大代表书面建议和区政协提案办理。
（二）计划财务科。编制和统筹本区教育部门预算、决算、教育费附加使用计划。统计和分析教育经费投入及使用效益。负责部门决算、“三公”经费、专项经费等信息公开工作。负责教育系统财务管理、国有资产管理和政府采购管理。规划、指导、协调学校基建、设备和后勤管理工作。负责教育基本信息的统计、分析和发布。负责学校资助工作。负责学校防汛、防台工作。
（三）基础教育科。承担义务教育、高中教育管理工作，指导基础教育阶段的特殊教育、民族教育工作。指导本区基础教育学校教育教学管理、教育信息化和现代教学技术应用工作。负责指导中小学招生、学籍管理、升学考试工作。审核管理区基础教育阶段的各种竞赛、学生评优、教材使用工作。负责管理教育系统教育教学科研工作。负责民办中小学的日常监管工作。
（四）学前教育科。负责幼儿园、托育服务工作的行政管理。负责制定全区0-6岁教育事业发展规划及管理办法。制定托幼招生计划并组织实施。负责对各级各类幼儿园保教质量的指导与管理。负责民办幼儿园、托育点的日常监管工作。承担区托幼工作联席会议办公室的日常工作。
（五）职业与终身教育科。管理中等职业教育和终身教育。制定中等职业教育和终身教育规划及年度计划。指导社区学院、中等职业学校、成人学校（社区学校、老年学校）教育教学。指导中等职业学校的招生和学籍管理,以及学生创业就业指导服务工作。负责民办中等职业学校的日常监管工作。负责民办培训机构（文化教育类）的日常监管工作。
（六）学生发展科。统筹管理和指导各级各类学校德育、体育、艺术教育、科技教育（知识产权教育）、卫生保健和食品安全工作。指导学校开展心理健康教育、卫生和健康教育、生命安全教育、国防民防教育（学生军训、兵役工作）和红十字会工作。组织、指导学校开展体育、艺术、科技等方面的竞赛、活动。负责本区国家通用语言文字使用的管理和监督工作。
（七）综合治理科。负责未成年人保护和预防、控制未成年人犯罪工作，指导学校开展禁毒宣传教育工作。负责教育单位内部治安保卫、安全生产工作、学生安全教育和周边综合治理工作。负责教育系统应急管理以及学校突发事件和学生伤害事故处理工作。负责本局依法行政、行政审批（一网通办）以及学校依法治教和普法工作。负责信访、维稳工作。